A Secretaria de Agricultura de Capão Alto, juntamente com a Epagri e Pecuaristas do município  se organizam para acessar os recursos do SC Rural, o qual é um programa do Governo do Estado e Epagri e vem apoiar os agricultores e pecuaristas familiares que se enquadram nas normas do Pronaf, o qual visa a execução através de capacitações, assistência técnica e recursos financeiros, pagando até 50% do valor do projeto a fundo perdido não reembolsável por parte dos agricultores, sendo estes escolhidos pelos agricultores como prioritários e os recursos podem ser aplicados em ações de uso coletivo do grupo ou individual.
No município de Capão Alto são 16 pecuaristas que estão dentro do programa, sendo 8 para a pecuária de leite e 8 para a pecuária de corte. Ambas têm os mesmos interesses em comum de buscar a melhoria do sistema produtivo nas suas propriedades. Através do aumento da produção e a qualidade tanto para os pecuaristas de leite quanto na pecuária de corte, e a aumentar a lotação fazendo o melhoramento genético do rebanho trarão benefícios aos produtores. 
O valor do projeto de Capão Alto ultrapassa R$ 317.000,00 sendo que o valor apoiado pelo Programa SC Rural é de R$ 153.700,00. 
De acordo com Kleiton Lopes, secretário de agricultura do município, são ações em conjunto entre técnicos e produtores que irão proporcionar melhorias de ganhos do conhecimento, que podem fazer uma grande diferença na produção e comercialização dos produtos produzidos pelos pecuaristas envolvidos no programa.